種子染菌的原因是操作失誤，環(huán)境不潔凈和用品滅菌不徹底三個方面。

由于種子染菌而使發(fā)酵染菌的稱種子帶菌，確認種子帶菌時發(fā)酵液所染的菌型必須與種子所染的菌型相同。

抗生素生產使用的種子系統(tǒng)，如沙土管、冷凍管、各種固體孢子和搖瓶種子，以及種子罐培養(yǎng)的種子污染雜菌稱為種子染菌。